生物质谱技术是蛋白质组学研究中最重要的鉴定技术，其基本原理是样品分子离子化后，根据不同离子之间的荷质比(M/E) 的差异分离并确定其分子量。对于经过双向电泳分离的目标蛋白用膜蛋白酶酶解(水解Lys或Arg的C端形成的肽键)成肽段，对这些肽段用质谱进行鉴定与分析。

目前常用的质谱包括两种：基质辅助激光解吸电离一飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS) 和离子阱质谱(ESI-MS) 。

服务的机型包括：基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱仪（MALDI-TOF），液相色谱-线性离子阱质谱联用仪 nanoLC-LTQ，液相色谱-四级杆-飞行时间质谱联用仪  Q-TOF，液相色谱-线性离子阱-轨道阱质谱联用仪 LTQ Orbitrap XL等。

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